重庆国际物流枢纽建设有限责任公司为重庆国际物流枢纽园区唯一运营建设主体，沙坪坝区直管重点国企，统揽园区开发、开放等平台服务职能，是以国有为引导，以市场为基础，广泛涉及仓储物流、国际贸易、金融结算、城市综合配套等产业的集团化公司，直接服务40个大型产业项目，已签约合作企业逾3800家。

公司内设机构8个，分别为综合管理部（董事会办公室）、财务投融资部、党群人事部（宣传推广部）、规划发展部、招商引资部（企业服务部）、建设管理部、口岸物流部、合同法务部（监察审计部）。各部门分别对应其职能职责。

公司立足国际物流枢纽园区口岸、通道、保税等优势资源，以物流产业为主导，布局口岸物流、多式联运、国际贸易、供应链金融及大宗商品交易产业，并持续实施港产城景融合战略，加快医教娱养和国际社区等城市业态的开发建设。到2030年，公司将建成城市人口50万、进出口贸易额达1000亿、物流体量超全市总量10%的现代化国际物流新城。